Kontrola skarbowa w firmie: trzy procedury i jak się przygotować

„Kontrola skarbowa” to potoczna nazwa trzech różnych procedur: czynności sprawdzających, kontroli podatkowej i kontroli celno-skarbowej. Różnią się tym, kto je prowadzi, czy dostaniesz zawiadomienie, czy chronią Cię limity czasu z Prawa przedsiębiorców i – co najważniejsze – do kiedy możesz skutecznie skorygować deklarację. Przygotowanie zacznij od ustalenia, w której procedurze jesteś – wynika to z pierwszego pisma z urzędu.

Trzy procedury zamiast jednej „kontroli skarbowej”

Według danych KAS w 2025 r. przeprowadzono blisko 2,64 mln działań weryfikujących rozliczenia, w tym 8722 kontrole podatkowe i 5113 kontroli celno-skarbowych. Pozostałe to czynności sprawdzające – KAS deklaruje, że sięga po nie w pierwszej kolejności, a kontrolę celno-skarbową kieruje na wykrywanie oszustw, nie błędów.

Czynności sprawdzające – najczęstszy i najmniej sformalizowany tryb

Urząd sprawdza tu m.in. terminowość deklaracji i wpłat, formalną poprawność dokumentów oraz ich zgodność ze stanem faktycznym (art. 272 Ordynacji podatkowej). Typowe pisma:

• wezwanie do wyjaśnień lub uzupełnienia deklaracji – organ musi wskazać, dlaczego podaje dane w wątpliwość (art. 274a § 2);
• informację o korekcie z urzędu – przy błędach rachunkowych i oczywistych omyłkach urząd sam poprawia deklarację, jeżeli zmiana nie przekracza 10 000 zł (do 30 września 2026 r. limit wynosił 5000 zł); masz 14 dni na sprzeciw, który anuluje korektę (art. 274 § 1 pkt 1 i § 3);
• żądanie dokumentów dotyczących kontrahenta – gdy kontrola lub postępowanie toczy się u Twojego kontrahenta, urząd może zażądać od Ciebie dokumentów w tym zakresie (art. 274c § 1).

Nie ma tu zapowiedzi ani limitu dni, ale prawo do korekty nie jest zawieszone. Odpowiadaj w terminie z wezwania, rzeczowo i z dokumentami na poparcie. Od 1 października 2026 r. korektę, z której wynika nadpłata większa niż 10 000 zł, składa się z pisemnym uzasadnieniem przyczyn (art. 81 § 2b).

Kontrola podatkowa – zawiadomienie, upoważnienie i limity

Kontrolę podatkową urząd co do zasady zapowiada. Zawiadomienie wskazuje zakres kontroli, wstępną listę oczekiwanych dokumentów i informacji oraz pouczenie o prawie złożenia korekty (art. 282b § 4). Kontrola rusza nie wcześniej niż po 7 dniach i nie później niż przed upływem 30 dni od doręczenia; wcześniej – tylko za Twoją zgodą lub na Twój wniosek (art. 282b § 2–3). To czas na przegląd dokumentów i decyzję o korekcie.

Zawiadomienia nie będzie m.in. wtedy, gdy kontrola dotyczy zasadności zwrotu VAT, niezgłoszonej działalności albo ma charakter doraźny i dotyczy kasy rejestrującej (art. 282c § 1). Kontrola zaczyna się od doręczenia upoważnienia i okazania legitymacji służbowej (art. 284 § 1). Wyjątkowo – dla zapobieżenia przestępstwu lub wykroczeniu skarbowemu albo zabezpieczenia dowodów – wystarczy legitymacja, a upoważnienie doręcza się w ciągu 3 dni roboczych (art. 284a § 1–2). Zakres kontroli nie może wykraczać poza upoważnienie (art. 283 § 5).

Do kontroli podatkowej przedsiębiorcy stosuje się rozdział 5 Prawa przedsiębiorców (art. 291c Ordynacji). Wszystkie kontrole jednego organu w roku nie mogą trwać dłużej niż 6 dni roboczych u mikroprzedsiębiorcy (do 12 lipca 2025 r. – 12 dni), 18 u małego, 24 u średniego i 48 u pozostałych (art. 55 ust. 1). Limit nie obowiązuje np. przy kontroli zasadności zwrotu VAT przed jego dokonaniem (art. 55 ust. 2 pkt 6). O książce kontroli i sprzeciwie piszę w tekście o prawach przedsiębiorcy podczas kontroli.

Kontrola celno-skarbowa – bez zapowiedzi i bez limitów

Prowadzi ją naczelnik urzędu celno-skarbowego (art. 61 ustawy o KAS). Nie dostaniesz zawiadomienia: kontrola zaczyna się w dniu doręczenia upoważnienia, a gdy okoliczności uzasadniają niezwłoczne działanie – po okazaniu legitymacji (art. 62 ust. 2–3). Rozdziału 5 Prawa przedsiębiorców się nie stosuje (art. 93 ustawy o KAS), więc nie ma limitu dni ani sprzeciwu z tej ustawy. Kontrola powinna zakończyć się w 3 miesiące, ale organ może wyznaczyć nowy termin, podając przyczyny na piśmie (art. 63 ust. 1–2).

Najważniejszy termin biegnie od pierwszego dnia: w sprawach podatkowych masz 14 dni od doręczenia upoważnienia na korektę w zakresie objętym kontrolą; złożona później, a przed końcem kontroli, nie wywołuje skutków prawnych (art. 62 ust. 4). Taka kontrola kończy się doręczeniem wyniku kontroli (art. 82 ust. 1). Od tego dnia masz kolejne 14 dni na korektę, jeżeli zgadzasz się z ustaleniami w całości lub w części (art. 82 ust. 3). Gdy jej nie złożysz albo organ jej nie uwzględni, kontrola przekształca się w postępowanie podatkowe – postanowieniem, na które nie służy zażalenie (art. 83 ust. 1 i 3).

Korekta deklaracji: jedno uprawnienie, trzy różne terminy

• Czynności sprawdzające – korektę składasz w dowolnym momencie (art. 81 § 1 Ordynacji).
• Kontrola podatkowa – korygujesz przed wszczęciem kontroli albo po doręczeniu protokołu. W trakcie kontroli uprawnienie jest zawieszone w zakresie nią objętym, a złożona wtedy korekta jest bezskuteczna (art. 81b § 1 i 2).
• Kontrola celno-skarbowa – dwa okna po 14 dni: po doręczeniu upoważnienia i po doręczeniu wyniku kontroli.

Korekta ma znaczenie także karne skarbowe: zgodnie z art. 16a Kodeksu karnego skarbowego nie podlega karze sprawca czynu dotyczącego złożenia deklaracji, jeżeli złożono prawnie skuteczną korektę, a uszczuploną należność uiszczono niezwłocznie – o ile przed korektą nie wszczęto postępowania przygotowawczego. Liczby do korekty ustal z księgowym lub doradcą podatkowym.

Obowiązki kontrolowanego

W kontroli podatkowej musisz m.in. (art. 287 i art. 284 § 1 Ordynacji):

• udzielać w wyznaczonym terminie wyjaśnień dotyczących przedmiotu kontroli i dostarczać żądane dokumenty;
• zapewnić kontrolującym warunki do pracy – w miarę możliwości samodzielne pomieszczenie i miejsce na dokumenty;
• przekazać na żądanie wyciąg z ksiąg i dowodów księgowych w strukturze JPK oraz – na własny koszt – tłumaczenie dokumentów obcojęzycznych;
• ustanowić pełnomocnika na wypadek swojej nieobecności, jeżeli nie masz pełnomocnika ogólnego lub szczególnego.

Podobny katalog dla kontroli celno-skarbowej zawiera art. 72 ustawy o KAS. Bezzasadna odmowa wyjaśnień lub okazania dokumentów może skończyć się karą porządkową – w 2026 r. do 3800 zł (art. 262 § 1 Ordynacji, M.P. z 2025 r. poz. 761), a udaremnianie lub utrudnianie czynności jest zagrożone grzywną do 720 stawek dziennych (art. 83 § 1 Kodeksu karnego skarbowego). Masz też prawo uczestniczyć w czynnościach kontrolnych (art. 285 § 1).

Protokół i 14 dni na zastrzeżenia

Kontrola podatkowa kończy się w dniu doręczenia protokołu (art. 291 § 4). Jeżeli nie zgadzasz się z ustaleniami, masz 14 dni od doręczenia na zastrzeżenia lub wyjaśnienia wraz z wnioskami dowodowymi; kontrolujący ma kolejne 14 dni na odpowiedź z uzasadnieniem (art. 291 § 1–2). Brak reakcji oznacza przyjęcie, że ustaleń nie kwestionujesz (art. 291 § 3).

Jeżeli kontrola ujawniła nieprawidłowości, a Ty nie złożysz korekty uwzględniającej je w całości, organ wszczyna postępowanie podatkowe – nie później niż w ciągu 6 miesięcy od zakończenia kontroli (art. 165b § 1). Przepisy nie przewidują zastrzeżeń do wyniku kontroli celno-skarbowej: odpowiedzią jest korekta albo spór w postępowaniu podatkowym. Kolejne kroki opisuję w artykule protokół pokontrolny – co dalej.

JPK, KSeF i czynności zdalne

Co miesiąc urząd otrzymuje ewidencję VAT w pliku JPK_V7 (art. 109 ust. 3b–3c ustawy o VAT), a w każdej z trzech procedur może zażądać ksiąg i dowodów księgowych w strukturze JPK (art. 193a § 1 Ordynacji, art. 72 ust. 1 pkt 1a ustawy o KAS). Od 2026 r. przedsiębiorcy rozliczający PIT, którzy wysyłają JPK_V7M, prowadzą księgi wyłącznie w programach komputerowych, a pierwsze roczne pliki (np. JPK_PKPIR, JPK_EWP) prześlą w 2027 r.

KSeF: od 1 lutego 2026 r. faktury ustrukturyzowane wystawiają obowiązkowo podatnicy, których sprzedaż z VAT przekroczyła w 2024 r. 200 mln zł, a od 1 kwietnia 2026 r. – pozostali (art. 106ga ust. 1 i art. 145l ustawy o VAT). Przepis przejściowy pozwala korzystać z faktur papierowych i elektronicznych tylko do 31 grudnia 2026 r. – m.in. podatnikom, u których wartość sprzedaży z VAT udokumentowana takimi fakturami nie przekracza 10 000 zł miesięcznie (art. 145m). Przepisy o karach pieniężnych za wystawianie faktur poza systemem (art. 106ni ust. 1) obowiązują od 1 stycznia 2027 r. Faktury z KSeF są udostępniane organom KAS (art. 297h § 1 Ordynacji), więc urząd nie żąda ich w formie JPK (art. 193a § 1a).

Zdalnie: za Twoją zgodą kontrola lub poszczególne czynności mogą być prowadzone korespondencyjnie albo elektronicznie (art. 51 ust. 3a Prawa przedsiębiorców). Od 1 października 2026 r. Ordynacja pozwala też przesłuchać stronę lub świadka na odległość, z przekazem obrazu i dźwięku (art. 199b); w kontroli celno-skarbowej przewiduje to art. 76 ustawy o KAS.

Przedawnienie – jak daleko wstecz sięga kontrola

Zobowiązanie podatkowe przedawnia się z upływem 5 lat, licząc od końca roku kalendarzowego, w którym upłynął termin płatności podatku (art. 70 § 1 Ordynacji). Podatek z terminem płatności w 2021 r. przedawnia się co do zasady z końcem 2026 r. – i do tego czasu przechowujesz księgi oraz związane z nimi dokumenty (art. 86 § 1). Termin może się wydłużyć: jego bieg zawiesza m.in. wszczęcie postępowania karnego skarbowego, o którym podatnik został zawiadomiony, oraz skarga do sądu administracyjnego (art. 70 § 6 pkt 1–2), a przerywa go zastosowanie środka egzekucyjnego, o którym podatnika zawiadomiono (art. 70 § 4).

Stan na październik 2026 r.: ustawa z 15 maja 2026 r., która miała zmienić zasady zawieszania biegu przedawnienia z art. 70 § 6 pkt 1, została 11 czerwca 2026 r. zawetowana przez Prezydenta i nie weszła w życie – przepis nadal obowiązuje.

Lista kontrolna: co zrobić po pierwszym piśmie

• Ustal tryb: wezwanie (czynności sprawdzające), zawiadomienie (kontrola podatkowa) czy upoważnienie z urzędu celno-skarbowego.
• Zapisz daty doręczeń i policz terminy: 7–30 dni do wszczęcia kontroli, 14 dni na korektę, 14 dni na zastrzeżenia.
• Sprawdź upoważnienie: organ, kontrolujący, zakres, data rozpoczęcia i przewidywany termin zakończenia (art. 283 § 2).
• Zdecyduj o korekcie, zanim minie na nią termin.
• Skompletuj dokumenty ze wstępnej listy i sprawdź z biurem rachunkowym gotowość do wygenerowania plików JPK.
• Wyznacz osobę do kontaktu i pełnomocnika na wypadek nieobecności; przygotuj miejsce pracy dla kontrolujących i prowadź wykaz przekazanych dokumentów.
• Przygotuj książkę kontroli i sprawdź, ile dni limitu organ już wykorzystał (kontrola podatkowa).

Składki sprawdza osobno ZUS, na innych zasadach – zobacz kontrolę ZUS w firmie.

Jak mogę pomóc

W ramach audytu przedkontrolnego porządkuję z Tobą dokumenty ze wstępnej listy, układam kalendarz terminów i przygotowuję osoby, które będą kontaktować się z kontrolującymi. Zajmuję się stroną organizacyjną kontroli; wyliczenia podatkowe i treść korekt pozostają po stronie Twojego księgowego lub doradcy podatkowego, a porady podatkowe i reprezentacja przed organami podatkowymi – po stronie profesjonalnego pełnomocnika, np. doradcy podatkowego. Jeżeli kontroli jeszcze nie ma, sprawdź, czym różni się audyt zimny od przedkontrolnego, a zakres pakietów znajdziesz na stronie usług.